京都大学拥有京都大学iPS细胞研究所、京都大学数理解析研究所 、京都大学防灾研究所等多个一流的科研机构。截至2020年，共有19位诺贝尔奖得主与京都大学存在某种程度的关联，其中校友和教授共11位。世界上第一位黄种人诺贝尔奖得主汤川秀树亦为该校教授。

学校位居2022泰晤士高等教育世界大学排名第61名

2022QS世界大学排名第33名

2022U.S. News世界大学排名第127名

2021软科世界大学学术排名第37名